En lo que va de la construcción de lo que será la ruta del Tren Maya, se han encontrado cerca de 3 mil vestigios arqueológicos en diferentes tramos, de acuerdo con el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).
Estos vestigios han sido encontrados particularmente en el tercer tramo, que comprende Yucatán, estado donde se han hallado 630, y una parte de Campeche; así como en el cuarto, que abarca el estado de Quintana Roo, en este último se han descubierto 162 piezas.
En el tramo que abarca Chiapas y una parte de Tabasco se han descubierto 519 piezas, seguido de Campeche, en donde se han localizado mil 554 vestigios.
El INAH indicó entre los cerca de tres mil vestigios arqueológicos encontrados hay monumentos, piezas relacionadas con estructuras y basamentos.
Los trabajos de excavación para la construcción del megaproyecto son supervisados por el Consejo Nacional de Arqueología, perteneciente al INAH, debido a que se trata de una zona donde habitaron grupos Mayas.